Everton dimulai pada tahun 1878 dengan nama St Domingo's FC. Pada awalnya hanya untuk orang-orang yang pergi ke gereja St Domingo, tetapi begitu banyak orang yang tertarik, mereka juga mengizinkan orang-orang dari daerah setempat untuk bergabung. Setahun kemudian klub ini berganti nama menjadi Everton Football Club, sesuai dengan nama daerahnya. Pertandingan pertama Everton Football Club adalah melawan tim bernama St Peter's pada tahun 1879. Everton menang 6-0.
Everton memasuki Piala FA pada musim 1886/87. Mereka dikalahkan 1-0 oleh Rangers di babak pertama. Ketika sepakbola menjadi semakin populer di seluruh Inggris, klub-klub menyadari bahwa mereka membutuhkan liga yang terorganisir. Pada tahun 1888, Football League didirikan. Everton adalah salah satu dari 12 anggota pendiri. Preston North End memenangkan dua liga pertama dan Everton memenangkan liga ketiga pada tahun 1891. Mereka memenangkan trofi kedua mereka, Piala FA, pada tahun 1905 tetapi tidak memenangkan trofi lainnya sampai tahun 1916. Baru pada tahun 1927 Everton mengalami periode pertama kesuksesan panjang mereka. Pada tahun 1925 mereka mengontrak Dixie Dean dan pada tahun 1927 ia mencetak 60 gol dalam 39 pertandingan, mencetak rekor dunia baru dan membawa Everton meraih gelar liga lainnya. Everton terdegradasi, atau diturunkan ke divisi dua pada tahun 1930/1931. Dalam setahun mereka dipromosikan lagi, dan klub tidak pernah terdegradasi lagi sejak saat itu, selain pada tahun 1950/51 (yang mengakibatkan tiga musim di tingkat kedua). Hal ini menjadikan mereka sebagai tim sepak bola Inggris dengan musim paling banyak berturut-turut di liga teratas sepak bola Inggris, selain Arsenal yang telah berada di divisi teratas secara terus menerus sejak 1919/20.
Periode sukses kedua Everton terjadi setelah tahun 1961 ketika Harry Catterick diberi tugas sebagai manajer. Dengan Catterick yang bertanggung jawab, Everton memenangkan dua gelar liga dan empat piala antara tahun 1961 dan 1970. Namun, kesuksesan ini tidak bertahan lama, dan setelah tiga tahun finish di liga yang rendah, Catterick berhenti dari pekerjaannya. Klub ini berada di papan tengah klasemen, atau papan tengah, selama sisa tahun 1970-an dengan sederet manajer yang tidak berhasil. Pada tahun 1981, klub menunjuk Howard Kendall untuk menjadi manajer baru. Dia mengubah Everton dan akhirnya menjadi manajer paling sukses dalam sejarah klub, memenangkan dua gelar liga dan tiga piala antara 1981 dan 1987. Era ini juga membawa Everton memenangkan satu-satunya trofi Eropa, Piala Winners Cup pada tahun 1985. Semifinal melihat Everton mengalahkan juara Jerman Bayern Munich 3-1, sebuah pertandingan yang terpilih sebagai yang terbesar sepanjang masa di Goodison Park. Di final, Everton kembali menang 3-1 atas Rapid Vienna, menobatkan mereka sebagai Juara Piala Winners Eropa; gelar Eropa pertama dan satu-satunya mereka hingga saat ini.
Pada tahun 1985, beberapa penggemar Liverpool dan 39 penggemar Juventus tewas ketika kerumunan orang mulai berkelahi di sebuah stadion di Heysel, Belgia. UEFA memutuskan bahwa penggemar Liverpool yang terutama harus disalahkan. Karena itu, semua klub Inggris tidak diizinkan bermain melawan tim Eropa sampai tahun 1991. Hal ini membuat Everton tidak memiliki kesempatan untuk mempertahankan gelar Eropa mereka dan tim secara bertahap bubar, menjual banyak pemain terbaik mereka ke klub-klub Eropa lainnya. Klub tidak melakukannya dengan baik di awal tahun 90-an, hampir terdegradasi dua kali dan mengalami banyak masalah uang. Namun mereka masih menjadi salah satu anggota pertama Liga Premier Inggris yang baru ketika dimulai pada tahun 1992. Mereka cukup sukses di bawah manajer bernama Joe Royle, yang mengambil alih pada tahun 1994. Di musim keduanya sebagai manajer, ia menjauhkan Everton dari degradasi dan memenangkan piala FA, trofi pertama klub dalam tujuh tahun. Klub mengalami peningkatan yang stabil di bawah Royle, finis di urutan ke-6 dan ke-7 pada musim 1996 dan 1997.
Namun, setelah dua musim, performa klub menurun dan Kendall dipecat setelah hanya sedikit terhindar dari degradasi pada musim 1998/99. Mantan pemain Walter Smith mengambil alih selama tiga musim, tetapi gagal tampil, menghabiskan banyak uang tetapi tidak membawa tim ke posisi liga yang baik. David Moyes mengambil alih pada tahun 2002 dan telah menjadi salah satu manajer klub yang paling sukses hingga saat ini. Di bawah manajemennya, klub ini telah menjadi tim 10 besar secara reguler, finis di urutan ke-4 pada tahun 2005, hasil tertinggi mereka di Liga Premier.
Di bawah manajemennya, Wayne Rooney dibawa ke tim utama dan dia dengan cepat dijual ke Manchester United seharga £27 juta, biaya rekor klub. Sejak 2005 Everton telah menikmati finis 8 besar secara teratur dan mencapai babak 16 besar Piala UEFA pada tahun 2007 dan final Piala FA pada tahun 2009.