ENCODE

ENCODE adalah Ensiklopedia Elemen DNA. ENCODE diluncurkan pada tahun 2003 untuk mengidentifikasi semua elemen fungsional (bit yang berfungsi) dalam genom manusia. Pekerjaan ini dilakukan oleh lebih dari 400 ilmuwan di 32 laboratorium di AS, Inggris, Spanyol, Singapura, dan Jepang. Temuan mereka dipublikasikan dalam 30 makalah akses terbuka di tiga jurnal, Nature, Genome Biology dan Genome Research. Ini adalah analisis paling rinci hingga saat ini dari genom manusia.

Penjelasan yang disederhanakan dari temuan utama mereka adalah sebagai berikut:

1. Hanya 1% dari genom yang mengkode protein. Itu sekitar 21.000 gen.
2. 70.000 urutan kode untuk daerah 'promotor'. Mereka berada di hulu gen, di mana protein berikatan untuk mengontrol ekspresi gen.
3. Ada sekitar 400.000 daerah 'enhancer' yang mengatur gen-gen yang jauh.
4. Ada empat juta 'sakelar' gen. Ini adalah urutan DNA yang mengontrol kapan gen dinyalakan atau dimatikan. Saklar-saklar ini sering berada jauh pada genom dari gen yang mereka kendalikan.
5. Sekitar 80% dari genom memiliki fungsi biokimia yang pasti. Gagasan bahwa sebagian besar DNA adalah "DNA sampah" jelas salah. "Sebagian besar genom manusia tidak mengkode protein dan, sampai sekarang, tampaknya tidak mengandung elemen-elemen pengatur gen yang pasti. Mengapa evolusi akan mempertahankan sejumlah besar DNA 'tidak berguna' tetap menjadi misteri, dan tampak sia-sia. Namun, ternyata ada alasan bagus untuk menyimpan DNA ini. Hasil dari proyek ENCODE menunjukkan bahwa sebagian besar bentangan DNA ini memiliki daerah yang mengikat protein dan molekul RNA, membawanya ke dalam posisi di mana mereka bekerja sama satu sama lain untuk mengatur fungsi dan tingkat ekspresi gen pengkode protein".
6. Evolusi disebabkan baik oleh perubahan dalam gen yang mengkode protein maupun dalam DNA yang mengkode kontrol regulasi.

"Salah satu tantangan besar dalam biologi evolusioner adalah memahami bagaimana perbedaan urutan DNA antar spesies menentukan perbedaan fenotip mereka. Perubahan evolusioner dapat terjadi baik melalui perubahan urutan pengkodean protein maupun melalui perubahan urutan yang mengubah regulasi gen".

Metode yang digunakan untuk pekerjaan ini termasuk:

1. Mereka mengisolasi dan mengurutkan RNA yang ditranskripsi dari genom.
2. Mereka mengidentifikasi situs pengikatan untuk sekitar 120 produk transkripsi.
3. Mereka meneliti pola modifikasi kimiawi yang dibuat pada histones. Hal ini untuk menemukan daerah di mana ekspresi gen ditingkatkan atau ditekan.
4. Mereka melakukan 1648 eksperimen pada 147 jenis sel.

Berita-berita yang terkait dengan pekerjaan ini adalah:

Pertanyaan dan Jawaban

T: Apa itu ENCODE?

T: Siapa yang melakukan pekerjaan untuk ENCODE?

T: Apa yang mereka temukan tentang genom manusia?

T: Bagaimana mereka melakukan penelitian mereka?

T: Apa yang disarankan oleh penelitian ini tentang evolusi?

T: Di mana temuan mereka dipublikasikan?

Cari berdasarkan huruf