Dari tahun 1826 hingga 1840 Knox mengelola sekolah anatomi Barclay di Surgeon's Square, Edinburgh. Dia adalah dosen anatomi yang paling populer di Skotlandia, tetapi kelasnya selalu kekurangan tubuh untuk dibedah.
Sebelum Undang-Undang Anatomi tahun 1832 memperluas pasokan, satu-satunya pasokan mayat yang sah untuk tujuan anatomi di Inggris adalah mereka yang dihukum mati dan dibedah oleh pengadilan. Hal ini menyebabkan kekurangan subjek yang sah untuk pembedahan. Kekurangan ini menjadi lebih serius seiring dengan meningkatnya kebutuhan untuk melatih mahasiswa kedokteran, dan jumlah eksekusi mati menurun.
Di sekolahnya, Knox menghadapi masalah sejak awal, karena - setelah tahun 1815 - Royal Colleges telah meningkatkan studi anatomi dalam kurikulum kedokteran. Jika dia mengajar sesuai dengan apa yang dikenal sebagai 'metode Prancis', rasionya harus mendekati satu mayat per murid. Sebagai akibatnya, penculikan mayat menjadi sangat umum sehingga bukan hal yang aneh bagi kerabat dan teman dari seseorang yang baru saja meninggal untuk mengawasi mayat sebelum dan sesudah penguburan, untuk menghentikannya diambil.
Pada bulan November 1827 William Hare memulai karir baru ketika seorang penghuni rumah yang berhutang meninggal padanya secara kebetulan. Dia dibayar £7.10/- (tujuh pound & sepuluh shilling) untuk mengantarkan mayat itu ke Knox. Sekarang Burke dan kaki tangannya Hare mulai membunuh gelandangan dan pemabuk secara teratur. Setelah 16 transaksi lagi, dalam apa yang kemudian dikenal sebagai West Port Murders, pada tanggal 2 November 1828 Burke dan Hare tertangkap. Seluruh kota dihebohkan dengan kengerian, yang disuguhkan oleh balada, broadsides dan surat kabar, atas perbuatan mengerikan Burke & Hare. Hare menjadi bukti Raja, dan Burke digantung, dibedah, dan dipajang.
Burke si tukang daging, Hare si pencuri,
Knox, anak yang membeli daging sapi!
Knox tidak dituntut, yang membuat marah banyak orang di Edinburgh. Rumahnya diserang oleh massa, dan jendela-jendela dipecahkan. Sebuah komite Royal Society of Edinburgh membebaskannya dari kesalahan, tetapi tidak ada yang melupakan perannya dalam kasus ini, dan banyak yang waspada terhadapnya.