Joseph Kony (dibaca IPA: [koɲ]; lahir 1961) adalah seorang pemimpin kelompok gerilyawan Uganda. Dia adalah kepala Tentara Perlawanan Tuhan (LRA). Sementara dia mendapat banyak dukungan dari masyarakat, LRA berbalik melawan para pendukungnya. Mereka mengatakan bahwa mereka melakukan ini untuk "memurnikan" orang-orang Acholi dan mengubah Uganda menjadi teokrasi yang diperintah oleh Sepuluh Perintah Tuhan.
LRA dikenal karena hal-hal yang sangat buruk yang dilakukannya terhadap warga sipil. Dua di antaranya adalah pembunuhan dan pemerkosaan.
LRA telah dikenal karena apa yang dilakukannya terhadap masyarakat di beberapa negara. Beberapa negara tersebut adalah Uganda utara, Republik Demokratik Kongo, Republik Afrika Tengah, Sudan Selatan, dan Sudan. LRA telah mencuri dan memaksa sekitar 66.000 anak untuk berjuang untuk mereka.
Pada tahun 2005, Kony dituduh melakukan kejahatan perang oleh Mahkamah Pidana Internasional di Den Haag, Belanda. Dia belum tertangkap.