Universitas Kansas memulai program bola basket pria pada tahun 1898, setelah kedatangan Naismith. Ini hanya enam tahun setelah Naismith menemukan permainan ini. Naismith dipekerjakan sebagai direktur kapel dan instruktur pendidikan jasmani. Pada masa-masa awal ini, sebagian besar pertandingan bola basket dimainkan melawan tim YMCA terdekat. YMCA di seluruh negeri memainkan peran yang sangat penting dalam kelahiran bola basket. Lawan umum lainnya adalah Haskell Indian Nations University dan William Jewell College. Dengan Naismith sebagai pelatih, tim hanya memainkan tiga sekolah Big 12 saat ini: Nebraska (enam kali), Missouri (dua kali), dan Kansas State (sekali). Ironisnya, Naismith adalah satu-satunya pelatih dalam sejarah program yang memiliki rekor kekalahan (55-60). Namun, Naismith melatih Forrest "Phog" Allen, yang mengambil alih sebagai pelatih di Kansas. Allen juga ditambahkan ke Basketball Hall of Fame. Ketika Allen menjadi pelatih sendiri dan mengatakan kepadanya bahwa dia akan melatih bola basket di Baker University pada tahun 1904, Naismith berkata kepadanya: "Anda tidak bisa melatih bola basket; Anda hanya memainkannya." Allen memulai karier kepelatihan yang akan membuatnya dikenal sebagai "Bapak Pelatih Bola Basket." Selama waktunya di Kansas, Allen melatih Dean Smith (tim Kejuaraan Nasional 1952) dan Adolph Rupp (tim Kejuaraan Nasional Yayasan Helms 1922). Ketika Dean Smith pensiun sebagai pelatih kepala Bola Basket di North Carolina, dia memiliki kemenangan terbanyak dalam sejarah bola basket perguruan tinggi, yang kedua adalah Adolph Rupp (Kentucky) dan ketiga adalah Allen. Ketiga pelatih tersebut telah bergabung dengan Naismith sebagai anggota Basketball Hall of Fame.
Pada pergantian abad, ada cukup banyak tim perguruan tinggi di bagian timur AS sehingga pertandingan pertama antara perguruan tinggi yang berbeda dapat dimainkan. Meskipun olahraganya terus berkembang, Naismith lama menganggap permainannya sebagai rasa ingin tahu dan lebih memilih senam dan gulat sebagai bentuk pendidikan jasmani yang lebih baik. Namun, bola basket menjadi olahraga demonstrasi pada Olimpiade 1904 di St. Seperti yang dilaporkan Basketball Hall of Fame, Naismith tidak tertarik pada promosi diri atau kemuliaan olahraga kompetitif. Sebaliknya, ia lebih tertarik pada karier pendidikan jasmani, menerima gelar kehormatan Master PE pada tahun 1910, berpatroli di perbatasan Meksiko selama empat bulan pada tahun 1916 selama Perang Dunia I, melakukan perjalanan ke Prancis, menerbitkan dua buku ("A Modern College" pada tahun 1911 dan "Essence of a Healthy Life" pada tahun 1918) dan menjadi warga negara Amerika pada tahun 1925.
Pada tahun 1935, National Association of Basketball Coaches (dibuat oleh murid Naismith, Phog Allen) mengumpulkan uang sehingga Naismith yang berusia 74 tahun dapat menyaksikan pengenalan bola basket ke dalam program olahraga resmi Olimpiade 1936. Di sana, Naismith membagikan medali kepada tiga tim Amerika Utara; Amerika Serikat, untuk Medali Emas, Kanada, untuk Medali Perak, dan Meksiko, untuk kemenangan medali Perunggu mereka. Selama Olimpiade, ia dinobatkan sebagai Presiden Kehormatan Federasi Bola Basket Internasional. Ketika Naismith kembali, ia berkomentar bahwa melihat permainan yang dimainkan oleh banyak negara adalah kompensasi terbesar yang bisa ia terima untuk penemuannya. Pada tahun 1937, Naismith berperan dalam pembentukan Asosiasi Nasional Bola Basket Antar Perguruan Tinggi, yang kemudian menjadi Asosiasi Nasional Atletik Antar Perguruan Tinggi (NAIA).
Pada tahun-tahun berikutnya, Naismith menjadi Profesor Emeritus di Kansas dan pensiun pada tahun 1937 pada usia 76 tahun. Termasuk tahun-tahunnya sebagai pelatih, Naismith menjabat sebagai direktur atletik dan pengajar di sekolah selama total hampir 40 tahun. Naismith meninggal pada tahun 1939 setelah ia menderita pendarahan otak yang fatal dan dimakamkan di Lawrence, Kansas. Secara anumerta, karya besarnya "Bola Basket - Asal-usul dan Perkembangannya" diterbitkan pada tahun 1941. Di Lawrence, Kansas, James Naismith memiliki jalan yang dinamai untuk menghormatinya, Naismith Drive, yang membentang di depan Allen Fieldhouse (alamat resmi Allen Fieldhouse adalah 1700 Naismith Drive), arena basket Universitas Kansas. Ini adalah jalan empat jalur yang terpisah yang membentang ke utara dan selatan dari University Drive ke selatan hingga ujungnya di jalan 24, tepat di selatan kampus KU. Universitas juga menamai lapangan di Allen Fieldhouse, James Naismith Court untuk menghormatinya. Naismith Hall, sebuah asrama tempat tinggal kampus, terletak di tepi timur laut 19th Street dan Naismith Drive.